Se ignora en qué fecha comenzó a poblarse el cerro donde se asienta la localidad de La Aguilera, hasta el año 1136 no hay documentos que lo acrediten. En este año ya era parroquia, que Burgos devuelve a Oña en un Concilio celebrado en Burgos bajo la presidencia del cardenal Guido, legado de Inocencio II. Esta devolución supone su recibimiento como iglesia en el Concilio de Husillos ( Palencia ) en 1088.
Su existencia como vecindario hay que remontarla varias décadas, en tiempos de la Reconquista, durante la repoblación del Duero, si bien no se descarta que hubiese asentamientos antes y después de la dominación romana.
Por la localidad pasa el río Gromejón, así denominado porque tuvo muchos cangrejos de río y en el castellano antiguo se le llamaba Gromejón al lugar donde habían muchos cangrejos. Nace en la Fuente Rendelucas (Caleruega) y desemboca en el río Duero.
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